Milet Müze Müdürlüğü, Aydın İli, Didim İlçesi, Balat Köyü yakınlarında bulunan Milet Antik Kenti içinde yer alır. 1973 yılında hizmete açılan Müze Binasının zaman içinde statik yapısı bozulmuştur. Bu durumun can ve mal güvenliği açısından tehlike arz etmesi nedeniyle ziyarete kapatılmıştır.

Eski Müze Binasının kapatılmasından sonra yeni Müze Binasının yapımı yönünde çalışmalar başlatılmış olup 1200 metrekarelik kullanım alanı olan yeni müze binası 2011 yılı mayıs ayında ziyarete açılmıştır.

Milet Müzesi teşhir alanları; bahçe teşhiri ve kapalı alan teşhiri olmak üzere iki ana bölümden oluşur. Bahçe teşhirinde Milet şehir sembolü olan aslan heykelleri, yazıtlar, mezar stelleri, lahitler, mimari elemanlar ve sütun başlıkları sergilenmektedir.

Kapalı teşhir alanı Müze idari bina içerisinde yer alır. Yaklaşık 600 m2’lik alanda Milet Antik Kenti, Priene Antik Kenti ve Didim Apollon Tapınağı buluntuları sergilenir. Milet Antik Kentine ait; Canlandırma Minos Dönemi (M.Ö. 20-15 yy) Mutfağı, Minos Dönemi buluntuları, Zeytintepe Arkaik Afrodite Kutsal Alanı buluntuları, Gacartepe Mezar buluntuları vardır. Milet Antik Kentinden Didim Apollon Tapınağına giden Kutsal yol buluntuları ve Apollon Tapınağı adak eşyaları sergi salonunda yer alır.

Anadolu’nun Pompei’si olarak anılan Priene Antik kenti özellikle zengin evleri buluntuları Priene bölümündedir. İç mekân vitrinlerinde çeşitli dönemlere ait sikkeler, süs eşyaları, cam koku şişeleri bronz eşyalar ve figürünler, pişmiş toprak eşyalar ve figürünler, Menteşeoğulları Beyliğine tarihlenen İlyas Bey Camii buluntuları sergilenen eserler arasındadır. Ayrıca Arkaik döneme ait mezar stelleri ve bitmemiş heykel grubu sergi mekânındadır. Milet Müzesi teknik, görsel ve bilimsel olarak örnek bir müzedir.