Milli Kahraman Yörük Ali Efe’nin İzmir’den dönüşünden ölümüne kadar yaşadığı Yenipazar ilçe merkezindeki evi 1980’li yıllarda çıkan yangında tamamen yanmıştır. 1995 yılında Aydın Valiliğince Kültür Bakanlığına yapılan öneri kabul görmüş, Yörük Ali Efe’nin mirasçıları evin müze yapılması koşulu ile evi Kültür Bakanlığına bağışlamışlardır. Tahsis işlemleri 1999 yılında tamamlanmıştır. Evin aslına uygun restorasyonu ve bahçe tanzim çalışmaları sonucu teşhire hazır hale getirilmiştir.

Bunun üzerine teşhir çalışmalarına başlanmıştır. Yörük Ali Efe’nin kullandığı şahsi eşyaları varisleri tarafından müzeye bağışlanmıştır. Aydın Müzesi Etnografya seksiyonundan devredilen eserlerin yanı sıra, Aydın Müzesi Kıymet Takdir Komisyonu’nca piyasadan alınan ve vatandaşların bağışladığı malzemelerle yapılan teşhir çalışmaları kısa sürede tamamlanmıştır.

Yörük Ali Efe’nin Muslukuyu Mezarlığı’ndaki mezarı Bakanlar Kurulu’nun 29.08.2000 tarih ve 2000/1252 sayılı kararı ile müze bahçesindeki yerine taşınmıştır. Yörük Ali Evi Müzesi Aydın Müzesi Müdürlüğü bağlı bir birim olarak, 8 Haziran 2001 tarihinde Kültür Bakanı Sayın M.İstemihan TALAY tarafından ziyarete açılmıştır.